Gastroenterologji është emri i departamentit që shqyrton sëmundjet e ezofagut, stomakut, zorrëve të holla dhe të trasha. Organe të tjera me të cilat merret departamenti i gastroenterologjisë janë mëlçia, shpretka, fshikëza e tëmthit dhe pankreasi. Gjatë diagnostikimit të sëmundjeve të këtyre organeve aplikohen procedura si endoskopia, kolonoskopia, ercp dhe ekografia. Në diagnostikimin dhe trajtimin e gurëve dhe kancereve të traktit biliar, ai diagnostikohet dhe trajtohet me një aparat endoskopi të veçantë që quhet duodenoskopi me pamje anësore.